Apesar do nome levar à França – “fondue” deriva da palavra fondre, que, em francês, significa derreter, o prato é de origem suíça. A confusão é comum, mas é importante lembrar que fondue é uma palavra feminina, e assim, se diz a fondue e não o fondue.
A receita mais antiga de que se tem notícia foi encontrada em um livro de culinária de 1699, publicado em Zurique, na Suíça e leva os queijos gruyère e emmental.
A versão mais conhecida para o surgimento da fondue conta que, para evitar a perda de queijo produzido em excesso, os camponeses suíços da Idade Média passaram a derreter as sobras em um grande caldeirão, com um pouco de álcool para melhorar a conservação. Durante o preparo desse creme, havia o hábito de experimentar a mistura com pedaços de pão para testar o tempero.
A fondue de chocolate foi criada na década de 1950 pelo chef Conrad Egli, do restaurante Chalet Suísse, em Nova York.
A fondue de carne, que nada mais é que uma panela com óleo em que cada pessoa frita pedaços de carne vem da Borgonha, e, por isso, chama-se bourguignonne. Ela é servida acompanhada de molhos diversos.
A China também tem uma variação da fondue. O hot pot é feito numa panela semelhante à de fondue, cheia de sopa onda, cada um cozinha os acompanhamentos como pedaços de carne, frutos do mar, cogumelos, vegetais, broto de feijão e ovos de codorna.